Ниш, на раскрсници балканских и европских путева, који повезују Европу са Блиским Истоком, један је од најстаријих градова на Балкану и важи од давнина за капију Истока и Запада.
О настанку Ниша постоји предање да га је саградио краљевић Ниша каменом с оближње хумске чуке. Има доказа да је Ниш насељен већ у праисторијско доба. Један војник из инжињеријске јединице ископао је 1878. године изнад тврђавског моста 153 мм дугу секиру-чекић направљену од базалта кога има у околини Островице у клисури Нишаве. Друга секира-чекић од 155 мм дуга, грубље израде, нађена је код старих гробова покрај Ниша, а једна кремена тестера код Врежине. Сви налази из перода од 4000 година пре н.е. могу се видети у Археолошком музеју у Нишу.
Град је добио име од реке Нишаве која кроз њега протиче и коју су келтски прастановници звали Navissos. Сваки освајач је давао своје име граду. Римски Naissus, византијски Nysos, словенски Ниш, немачки Nissa.
У својој најсјајнијој епохи Naissus је био једна од најважнијих раскрсница мезијско-трачко-дарданске путне мреже, јер су се ту сливали путеви од Љеша (на Јадрану), Солуна, Цариграда, Сингидунума (Београда). У античко време Naissus је био веома снажан и неосвојив каструм. Због свог изврсног географског положаја Naissus је постао значајна стратегијска тачка тако да се Ниш помиње у свим војним походима на Балкану још од другог века. Код Ниша је Клаудије II победио Готе 269. године и спасио Рим велике опасности. Константин Велики, римски император (306-337), наследник Деоклецијана, је Naissus, у коме је рођен 274. године, украсио раскошним грађевинама (Медијана) и учинио га значајним економским, војним и административним центром.
Мада се сматрало да је Ниш неосвојив град у својој дугој историји је више пута освајан, рушен и спаљиван. Хуни су Ниш заузели 441. године употребивши огромне јуришне справе и кишу стрела. Следеће разарање је било 448. године, а затим 480. године делимично обновљен град поново руше Варвари. Византијски цар Јустинијан обнавља Ниш, али у новим походима Авари га поново руше. На путу за Византију, 540. године, Ниш насељавају Словени. Око 987. године Ниш заузима бугарски цар Симеон. У 11. веку Византија поново колонизира Ниш и околину. 1072. године до Ниша су продрли Угри. Манојло I утврђује град, али његов наследник Андроник га губи. Осваја га угарски краљ Бела III. Кратко време после тога био је грчки, а 1185. године дошао је у српске руке, али за кратко. Исак Анђел побеђује Стефана Немању 1196. године. Ниш поново долази у српске руке 1241. године.
Кроз капије Ниша су прошли многи значајни владари Европе. 1096. године крсташки витез Валтер, а 1189. године дуже време је у Нишу боравио цар Фридрих I Барбароса кога је свечано дочекао и поздравио велики српски кнез Стефан Немања и са њим склопио савез против Византије.
Иако на међи истока и запада Ниш је увек био православни и средиште велике нишке епархије која почетком 13. века обухватала област Нишаве, Мокрог, Топлице и Сврљига, а под Пећком патријаршијом њене границе су сезале до Лесковца и Параћина.
Падом Ниша у руке султана Мурата 1385. године била је одлучена и судбина српске државе. Град је пао после опсаде од 25 дана. После Косовског боја 1389. године пут Софија-Београд је запустео. Али 1443. године Ниш закратко долази у руке Лудањина. Град је предат Србима, а Бранковић га препушта Ђорђу Мрњавчевићу. Ниш је поново изгубљен 1448. године и следећих 245. година Турци владају њиме. За време Турске доминације Ниш је средиште војне и управне власти. Нишка Тврђава изграђена је 1723. године и спада у најлепша и најочуванија турска здања на Балкану. За време аустријских освајања, 1737. године у поновном походу Аустрије на Турску Ниш пада. Заузима га аустријска војска без борбе. Турци се повлаче, а Аустрија реновира Тврђаву. То је кратко трајало, јер се исте године Турци враћају у Ниш такође без борбе. Настаје тешко време за рају.
1804. године избија први српски устанак. 1809. године устаници су ојачали и пошли на јужне делове Србије. Код Ниша на Чегру 31. маја 1809. године дошло је до Чегарске битке. Ојачана турска војска са 10000 војника је напала војводу Стевана Синђелића са 3000 сабораца. Остављен без помоћи коју је тражио Синђелић је желео достојну смрт. Пуцајући у складиште барута дигао је у ваздух Чегарско брдо. Да би раја памтила пораз паша је на Цариградском путу после битке на Чегру подигао Ћеле Кулу од лобања српских јунака, што представља јединствен споменик у свету.
За време кнеза Милоша и кнеза Михајла јужни делови Србије остају под Турцима. 11. јануара 1878. године после дугих борби кнез Милан је ушао у нишку Тврђаву. Од тог времена Ниш престаје да буде оријентална касаба и долази до наглог развоја. Град се изграђује и унапређује културно и политички. Ниш постаје друга престоница у Србији. 1878. године добија гимназију, 1882. године учитељску школу, а 1894. године вишу девојачку школу. Ниш је 1895. године имао три основне школе за дечаке и једну за девојчице.
У области привреде основане су четири штедионице, радионица за одржавање возног парка поред железничке станице, рафинерија шпиритуса са великим подрумом браће Тутуновић, пивара, циглана, кланица.
“Краљев двор” у Нишу је био удобна резиденција муслиманских великопоседника. Саградио га је Хафис-паша, а затим је припао Мехмед-паши. Када се 1878. године у њега уселио Главни штаб српске војске, он је био Бећир-пашина својина. Конак је потом пропао, јер унук Хафис-паше није хтео да га прода краљу Милану. Али, његов син Муста-бег га продаје после очеве смрти. Здање је доведено у ред и представљало је пријатну резиденцију краља са погледом на Нишаву и Тврђаву. Зграда је била спратна. Горњи спрат је био за становање са дивним доксатима са којих се краљ Милан обраћао неколико пута народу. Краљица Наталија и престолонаследник Александар су радо боравили у двору.
У Нишу је од 1878. године седиште црквене власти – Митрополије и Епархије нишке. На челу нишке Митрополије стајао је митрополит Виктор. Црква Св. Пантелејмона завршена је 08.08.1878. године. Саграђена је на месту где је око 1185. године оснивач династије Немањића подигао манастир.
Преко пута двора поред Нишаве у Београд-махали изграђена је 1889. године зграда окружног начелства (Бановина). Зграда је изграђена у западноевропском стилу и коштала је 250.000 динара. У њој су нашла место сва одељења српске префектуре: полиција, финансијска, грађевинска и санитарна управа, државна штедионица и затвор. Унутрашње просторије, нарочито велика дворана за седнице и суђења, луксузно су опремљене.
У то време у Нишу је често заседала Скупштина. 1878. године у Нишу се одржава прво заседање Народне скупштине Србије уз учешће 172 народна посланика. Скупштина је свечано отворена 23. новембра 1878. године у згради основне школе (иза Саборне цркве) престоном беседом Кнеза Милана Обреновића. Тадашњих 15 општинскох чиновника и 120 писара имали су пуне руке посла, као и 150 државних чиновника свих ресора. Окружна управа је од 1896. године центализована у Нишу. Округ је обухватао 2.558 км2 са 246 места у 88 општина, а према попису из 1905. године имао је 184.045 становника.
Пред почетак Првог светског рата влада и Народна скупштина прелазе у Ниш. Ниш постаје ратна престоница Србије. Скупштина је заседала 7. децембра 1914. год
ине у згради официрског дома и разматрала предлог владе о уједињењу Јужних Словена и формирању југословенске државе. Усвојена је Декларација о уједињењу и стварању државе Срба, Хрвата и Словенаца, тзв. Нишка Декларација. Октобра 1915. године Ниш заузимају бугарске трупе. Почиње сурова окупација Бугара која траје до краја рата. 12. октобра 1918. године војска Прве српске армије, на челу са војводом Петром Бојовићем, ослобађа Ниш.
Од 1921. године Ниш постаје средиште Области. На челу области стајао је велики жупан кога је постављао краљ својим указом. У састав Нишке области улазило је 11 срезова и два округа. Град Ниш у то време има 25.096 становника.
У периоду Другог светског рата од 1941.-1945. године Ниш је стратегијска тачка на путу за Солун и Црно море. После жестоких борби 14. октобра 1945. уништена је 7.СС – брдска дивизија “Принц Еуген”. Ниш је ослобођен.