Niš se nalazi u niškoj kotlini uz ušće Nišave u Južnu Moravu na 43°19′ Severne geografske širine i 21°54′ Istočne geografske dužine. Uži centar grada je na 194m nadmorske visine (kod spomenika u centru). Najviša tačka na teritoriji grada je Sokolov kamen, vrh na
Suvoj planini (1.523m nadmorske visine), a najniža nizvodno od ušća Nišave u Moravu kod mesta Trupale (173m nadmorske visine). Područije grada zahvata površinu od 596,71km, na kome se nalazi Niš, Niška Banja i 68 prigradskih i seoskih naselja.

Geografski, Niš se nalazi na raskrsnici najvažnijih balkanskih i evropskih saobraćajnih pravaca. U Nišu se magistralni pravac, koji vodi sa severa, dolinom Morave iz pravca Beograda, račva na pravac ka jugu, dolinom Vardara prema Solunu i Atini, i pravac ka istoku, dolinom Nišave i Marice prema Sofiji, Istanbulu i dalje ka Bliskom Istoku.

U Nišu se odvajaju i putevi ka severozapadu (prema Zaječaru, Kladovu i Temišvaru) i ka jugozapadu (prema Jadranskom moru).

Svi ovi putni pravci bili su poznati još od najstarijih vremena kao pravci kretanja naroda, robe i vojski. “Via Militaris” u periodu Rima i Vizantije, “Carigradski drum” u srednjevekovnom periodu u doba Turaka. Danas, to su glavni magistralni evropski pravci na Balkanu, koji Niš čine raskrsnicom Evrope sa Malom Azijom i Crnomorskog područija sa Mediteranom.

Udaljenost Niša od drugih gradova:
Beograd	235km		Paraćin	80km		Atina	977km		Moskva	2210km
Budva	460km		Peć	194km		Beč	830km		Oslo	2797km
Valjevo	294km		Pirot	68km		Berlin	1722km		Pariz	2027km
Vršac	315km		Priština	128km		Budimpešta	617km		Prag	1115km
Zaječar	100km		Podgorica	397km		Bukurešt	475km		Rim	1508km
Zrenjanin	309km		Sombor	419km		Varšava	1470km		Solun	396km
Jagodina	104km		Subotica	423km		Istanbul	986km		Sofija	155km
Kragujevac	146km		Užice	232km		Kijev	1322km		Stokholm	2836km
Kraljevo	156km		Ulcinj	505km		Milano	1258km		Hamburg	1908km
Novi Sad	309km		Herceg Novi	521km		Minhen	1530km		Cirih	1408km